se flasean por CWM como si de una rom se tratase.
primero pasas el limpiador de kernel, luego de rom, y despues flaseas la nueva rom
mirate este hilo
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=377378
esto simplemente te limpia las carpetas que te haya dejado otras roms y kernel que hayas tenido para poder flasear la nueva rom de la manera mas limpia posible.
yo suelo hacerlo cuando paso de una oficial a una Custom o viceversa