En mi SGS también llevo Jelly Bean y siempre está al 99% aunque lleva toda la noche cargando.
Si lo usas un poco sin quitar el cargador verás que al rato sube a 100%.
Debe ser que cuando llega al 100%, aunque esté enchufado se va descargando la batería como medida de seguridad, así que no le des más importancia.
