La sd viene completa en fat32 al comprarla. Al particionar, le quitas un poco de espacio a la fat32 y lo pones en ext4 (ó ext2, ext3, etc)
Todo lo que estaba en la sd, partidas, fotos, etc lo copiaste al ordenador. Al copiarlo se regreso a la partición fat32 tendrás tal cual el móvil, pero detectará que la sd es un poco más chica (por la partición).