Abre link2sd y comprueba que tienes todo correctamente enlazado, aplicación por aplicación (librerías, caché, etc...) y lo mismo con las que has movido a la SD. Prueba también a mover las que estén en la SD a memoria interna y moverlas de nuevo a la SD.
De todas formas, yo también uso Link2sd y tengo casi todo enlazado en la tarjeta y te puedo asegurar que tengo 200 mb libres de memoria interna así que revisa las aplicaciones porque seguro que puedes enlazar alguna más.
Otra cosa es que te estés liando entre memoria interna y el espacio disponible para aplicaciones de sistema. En este caso echa un ojo por ahí porque hay tutoriales donde explica que aplicaciones de sistema se pueden borrar, si es que no las usas, y a mayores, con titanium backup puedes convertir alguna aplicación que sea de sistema a aplicación de usuario y enlazarla a la sd con link2sd (por ejemplo google maps, play store, etc...)
Si aún así no funciona, en último caso, ya que tienes copia con titanium backup, desinstala las aplicaciones y vuélvelas a instalar, una a una, enlazando las que creas convenientes y moviendo las que te deje.
Suerte!