No creo que nada salga mal, en un momento dado lo único que te pasará es que no se haga efectivo el rooteo, pero nada más.
De momento a nadie le ha pasado nada (serías el primero

) así que eso es una tranquilidad.
Para que se instalen las apps en la SD lo tendrás que hacer con LINK2SD y configurarlo para que mande las apps a la SD o al menos las enlace.
Yo tengo pendiente un tuto sobre como usar el link2sd, como mover el dalvick cache para liberar memoria y demás, pero no he tenido tiempo estos días.
En un par de días supongo que lo tendré listo por si prefieres esperar para lo de las particiones

