Bueno, al final lo he vuelto a repetir todo para actualizarlo a la última versión, que cuando lo hice la primera vez se me olvidó este paso...
Al principio me daba error para actualizar, así que hice lo siguiente: antes de flashearlo, restablecí ajustes de fábrica y luego datos de fábrica, después de flashearlo volví a hacer lo mismo y en dos minutos me detectó automáticamente la nueva actualización y me la instaló sin problemas.
La lata es volver a enlazar todos los contactos porque, aunque había hecho una copia de seguridad de la agenda, eso no lo guarda. Con el Titanium BackUp intenté restaurar los datos de la aplicaición "Contactos" y "Contacto del teléfono" (sólo los datos, las aplicaciones no para no machacar la actualizada) pero no funcionó...