Buenas,
Yo tengo la, creo que buena, costumbre de cuando actualizo o flasheo nueva ROM , la primera vez dejar que se agote completamente la batería hasta que se apague solo, e incluso iniciarlo en modo fastboot o recovery y dejarlo así hasta que se vuelva a apagar. Así nos aseguramos que está a 0 de verdad
Luego lo cargo apagado con cargador de pared y lo dejo como 1 o 2 horas más desde que llegue al 100% (por la noche es lo mas fácil). Enciendo con el cable conectado y una vez arrancado y estabilizado el sistema quito el cable. Uso el cacharro de forma normal pero NO conectarlo ni al cargador ni por USB hasta que se vuelva a apagar el trasto solo por falta de batería, y volvemos a cargar igual que antes.
Lo suyo es hacer un par de ciclos asi. Normalmente al segundo ya va bien.
Pero es completamente normal que después de una actualización se descalibre la batería. Si sois unos obsesos (como yo

) , os bajais la app Spare Parts y podéis controlar el voltaje de la batería (battery information) , si veis que ya no sube el voltaje estando cargando pero no marca 100.% es que falta calibrar. Y lo mismo para cuando se agota. El porcentaje puede fallar pero los voltios a los que se apaga son siempre los mismos.
Saludos!