Otra forma es mantener la ROM original y flashear la customización aparte, te puede servir para diferentes ROMs.
Si para flashear utilizas
ZipInstaller de
beerbong (ojo no vermong

) el proceso es muy comodo y rapido. (En
JellyBeer ya viene incluido)
ZipInstaller:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=477381
Te dejo una custimización personal que utilizo para
JellyBeer.
En esta copio aplicaciones, borro otras y cambio melodias y tonos.
https://dl.dropbox.com/u/48131451/_M...stomizeROM.zip
Descomprime _customizeROM.zip y encontraras un fichero "leeme.txt"
Saludos
PD. Para modificar "META-INF\com\google\android\updater-script" (Dentro de la carpeta que se crea al descomprimir) no utilices "Block de Notas" prueba con "Notepad++"