A mi ocurrió lo mismo, las aplicaciones que ya tenían acceso root lo mantenían pero las nuevas no. Flasheando supersu mediante recovery se solucionó y además me eliminó superuser, no sé si el zip contiene algo más que hace esto.
El zip al que me refiero es éste
http://www.mediafire.com/?a9218pir8gja3sv pero no encuentro que página me redirigió a esta descarga.
Repito sólo digo que a mí me funcionó pero cada uno es responsable lo que hace.
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