Ya he descubierto por lo que me tardaba 5 minutos en arrancar cada vez que apagaba, con mi método cambié el script de formatear por la opción de factory reset del CWM, que formatea /data y /cache, pero en ext3, mientras que el script formatea dichas particiones en ext4. Esa pequeña diferencia es la que provocaba ese mal comportamiento, siguiendo el método de No Ten Sofocles funciona sin problemas en la Livingstone.