Solucionado. El problema creo que ha sido utilizar por primera vez el archivo en zip que genera el Titanium backup de todas las aplicaciones. La idea es que antes de cambiar de ROM creas un zip que se flasea desde el recovery. Te evitas el instalarlos después. No está muy fina esta opción todavía.
Para solucionarlo he tenido que reparar permisos desde el recovery y a funcionar.
salu2
jb