Rootear aporta muchísimas ventajas, como puedes ver en el hilo de aplicaciones para usuarios Root:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=453042
Eso entre otras muchas cosas, no hay que tenerle miedo, es bien sencillo.
Sobre el Launcher te recomiendo cambiarlo, el Stock está muy limitado, prueba Apex, Nova o cualquier otro y entenderás a que se refiere la gente, eso de que con el launcher stock, en el cajón de aplicaciones no se pueda pasar de la última a la primera página y viceversa, como que toca los wiflis... Sobretodo cuando tienes cientos de aplicaciones, además de que en fluidez se pasan por la piedra al launcher stock, el launcher stock no soporta el modo landscape (horizontal) en el escritorio, cuando pasas aplicaciónes a la "sd" mediante app2sd se pierden los accesos directos del escritorio cuando reinicias, no sigo...
Con los otros launchers se puede hacer eso y mucho más.
Por el tema de la garantía dale un vistazo al siguiente hilo:
http://www.htcmania.com/showthread.php?p=6423157
Enviado desde mi Xperia S con ICS Rooted