Me pasa exactamente lo mismo. Unas veces carga rápido (2,5 horas) y otras me puede tardar más de 6 horas. En fin, que se ve que es un problema generalizado a raiz (en mi caso) de instalar JB (cuando tenía ICS siempre me cargó correctamente), por lo que yo creo que éste (el problema) se centra en un error o pequeño bug de JB a la hora de interpretar la gestión de carga.
¿Alguien ha probado con otro cargador a ver que tal?
Saludos.