Reitero y lo has visto, que aunque no hubieses usado theme editor, si hubieses limpiado la cache, lo cual es muy normal y se regenera sola, te hubiese pasado lo mismo. Pues theme editor no toca nada de eso y tu mismo ves que con los ficheros originales de la ROM te pasa lo mismo.
Solo se me ocurre que revises permisos del /system/media/audio. de todo lo que haya dentro de ringtones, notificstions,.... . Y/o en ajustes > aplicaciones > todas busques una llamada "escaner de medios de almacenamiento" o algo así y limpies datos y/o cache, reinicies y pruebes poner un tono de llamada y pruebes.
Enviado desde sabe Dios donde con mi XperiaS.
