Olvidate de todo eso, eso es para recuperar el movil. y tu lo que quieres es hacer una limpieza.
Para hacer una limpieza completa hay que diferenciar entre la memoria interna y las SD que es donde se te quedan todas esas carpetas.
Bien, para limpiar la memoria interna en teoria con fullwipe bastaria, aunke de vez encaundo hacer un format de system y data y cache no vienen mal. pero esto SOLO TOCA MEMORIA INTERNA ; NISIKIERA SD INTERNA.
Bien, para limpiar las SD tanto interna como externa, basta con que copies lo que quieras guardar fotos , backups, etc, lo demás formatear, normal y corriente, no pasa nada por eliminar carpetas de aplis o de android, volverán a crearse.No te preocupes.
DE echo si ya tienes una instalacion limpia con fullwipes, de CM10 porejemplo. puedes copiarte al pc las fotos, y lo que quieras guardar de tus SD, y las puedes formatear directamente desde la propia rom. y la interna ya la limpiaste al hacer fullwipe.
Espero haberme explicado.
un salduo