Hola
Yo he tenido un problema similar con el mismo resultado, la solución con nexus 7 toolkit la opcion 9 (Download, Extract + Flash Google Factory Stock Rom) desde el nexus root toolkit la opcion de arriba a la derecha Back to stock y reinstalar el ROM stock de 0
Para hacer wipe con fastboot no se si se puede pero si existe una opción con el nexus 7 toolkit que te lleva al CWM que es la opcion 10(Boot to Custom Recovery without Permanently Flashing it) con ello puedes hacer el WIPE que requieres
Saludos, espero te sea útil