Hasta que llegue un experto te comento alguna opción.
Podrías crearte tu propio plugin para el hoy y de esa forma si te aparecería en configuración, pero no sé si será mucho lio para sólo el messenger.
Lo más sencillo sería que usases un programa tipo TrayLunch, que te añade una pequeña barra abajo donde puedes poner los iconos que quieras y tener acceso rápido a lo que más suelas usar como el messenger.
Si quieres meter muchos iconos y más organizados (por pestañas) puedes probar el spb pocket plus o similares.
Espero que te valga de algo.