si, en almacenamiento masivo a mi me pasaba lo mismo, pero una tarjeta si me la montaba en el pc y la otra no, y al intentar quitarlo del pc la tarjeta q no me montaba en el pc la perdia en android. si ibas a explorar sus ficheros no estaban. tenia que reiniciar para volver a acceder a ellos...si no recuerdo mal era la interna asi q todas las apps pasadas ahi no iban bien.
nose, es como si no terminara de activarlo y se quedara algo mal en el intento.
en mtp me hace lo que tu dices tambien. si le das a actualizar, a veces me sacaba los ficheros, pero no todos
de momento estoy con la rom mkepler + kernel vurrutkerv2 y me va bien todo.
un saludo