Pues te voy a decir dos cosas:
1.- Toda esta molestia para solo tener una actualización de 10MB que probablemente sea inútil lo veo perder el tiempo. Por que no instalas una ROM cocinada en condiciones? Normalmente adoptan las actualizaciones en cuestión de 1 día o dos (depende cual) y te ahorras esto y mucho bloatware además de incluir mejoras, algunas llevan mods.. Etc.
2.- Debido a no hacer wipe, es posible (de hecho es imposible que no pase) que haya rastros de root en el móvil. Probablemente aun tengas instalada la app SuperSU, si la tienes abrela > ajustes > desrooteo completo.
Wipe cache y dalvik no creo que sirva de nada...
Si esto no te sirve pues me temo que tendrás que hacer un wipe data. Para evitar perder tus apps te recomiendo usar Titanium Backup u otra app para copias de seguridad. Haz root para las copias
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