Es normal , el root que estás metiendo sólo vale para ics , además cuando lo flasheas sobre jb al arranque te sale en la esquina superior izquierda de la pantalla ., una interrogación en rojo .
Yo volveria a flashear la base entera y luego el root ( pero si le flasheas sobre jb) te sadrá triangulo rojo en todos los arranques ( nada importante)