si cierras el bootloader, cuando venga otra actualizacion perderás el root, y para recuperarlo tendrás que volver a abrirlo perdiendo todos los datos porque cada vez que lo abres formatea todo el movil por seguridad. yo te recomiendo dejarlo abierto, yo lo cerré antes de actualizar a 4.1.1 y la actualización no se me instalaba, probé de todo, y lo único que me funcionó fue tener el bootloader abierto. a no ser que te empiece a fallar el usb, dejalo abierto, si te falla el usb, restaura una rom original y cierralo, por si acaso