He cambiado en el ROM toolbox, el gestor de cpu, de conservativo a smartassv2 (a parte de que tenia que se pusiera a 300Hz, cuando se apagaba la pantalla, y también lo he quitado).
Desde que lo he cambiado, parece que funcionan bien las notificaciones del whatsapp, pero tampoco lo he probado mucho, así que no lo puedo asegurar.
El conservativo, a lo mejor quita la sincronización push de algunas notificaciones, y las pone cada cierto tiempo solamente. No sé, es lo único que se me ocurre...