Llevo un par de días investigando esto y al final lo he conseguido.
Normalmente el NFC únicamente está activo si tenemos el móvil con la pantalla encendida y desbloqueada, lo cual si usas etiquetas NFC junto con la app "nfc task launcher" pierde mucha versatilidád.
En varios dispositivos han modificado el apk del nfc para que funcione aún con la pantalla apagada, pero en el note aún no.

Así que me he tirado a la piscina y mientras alguien con conocimientos lo hace he asumido que la apk que usa samsung para la lectura es la misma tanto en el s3 como en el note 2 he extraido la misma de un mod sacado del foro del s3 de xda y la he inyectado dentro del sistema dando como resultado que funciona a la perfección.

Tutorial de instalación.
-Con un explorador con permisos root vamos a la carpeta system/app.
-Modificamos los permisos de la carpeta a R/W.
-Buscamos el archivo Nfc.apk y lo renombramos a nfc.apk.bkc (lo dejamos como copia de seguridad)
-Ahora copiamos y pegamos en la carpeta el apk adjunto en este post.
-Cambiamos los permisos (siguiendo el mismo patrón que el resto de archivos)
-Devolvemos a la carpeta system/app permisos R/O
Reiniciamos el terminal y ya lo tenemos, cuando acerquemos una tarjeta nfc al móvil actuará.

Y si aguien está preocupado por el consumo basta con desactivar el nfc en ajustes como siempre.

Esto está probado con la omega v4 LJ3, pero asumo que funcionará con cualquier rom STOCK DEODEXADA.
Si lo vais probando con otras roms comentad los resultados y lo añado al post principal.

En un principio al inyectar únicamente una apk no hay riesgos, pero recomiendo hacer antes un backup por lo que pueda pasar.
Yo me hago responsable únicamente de mi móvil, lo que hagais con los vuestro ya sabeis a quien le toca.