Prueba a hacer esto (no se si funcionara, pero por probar...):
En la micro SD borra de la carpeta
/DCIM las carpetas
/.tumbnails y
/100ANDRO y dentro de
/Android/data todas las carpetas que tengan que ver algo con multimedia (si borras todo lo relacionado con google como youtube, map... mejor)
Ahora en
Ajustes del sistema-->Aplicaciones-->Todas entras en cada aplicación
multimedia y
Almacenamiento de medios le borras los datos.
Reinicias para que regenere android todos los indices de nuevo (dale tiempo que tardara bastante, ya aparecerán poco a poco todas las carpetas en la galeria o en el reproductor cuando menos te lo esperes).
Esto normalmente sirve para cuando las app multimedia duplican archivos pero supongo que también puede servir para cuando no visualiza estos.
Suerte.
