Hasta donde yo se, en la última versión del Toolkit (v9.0) ya da soporte para 4.1.2 y se puede rootear sin problemas... también tengo entendido que haciendolo como si de un 4.1.1 se tratase funciona el root (en versión anterior del Toolkit). Eso si, el bootloader SIEMPRE ha de estar desbloqueado, y el proceso de desbloqueo flashea el móvil.
Personalmente desconozco otros métodos de rooteo.
Las apps y/o programas que conozco para hacer los backups requieren ser root del sistema así que estamos en las mismas.
Por la agenda no te preocupes, si la tienes sincronizada con tu cuenta gmail no lo perderás. Al restaurar la cuenta recuperarás tus contactos.
Para el resto, tendrás que perderlo todo la 1ª vez que desbloquees el bootloader y luego instalarlo a pelo manualmente... una vez seas root del sistema ya podrás hacer backups del sisema.