Para NativeSD la partición tiene que ser ext4, de todas formas es la partición recomendable para instalar aplicaciones porque tiene más ventajas.
Uno de los problemas que puedes tener es que le falte algún scirt a la Rom, intenta buscar que sea compatible con app2sd y todo eso, si no intenta bajar link2sd y di que tienes una partición ext2 en el primer menú que te sale.
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