1- las app si se borran, pero para que las recuperes rapidamente instalate esta app
BACKUP AND RESTORE de google play, la abres y señalas todas las app que esten en la lista y le das a BACKUP, ahora para ver donde y como se guardaron descargate un explorador de archivos, ESTE
EXPLORADOR DE ARCHIVOS lo abres y busca la carpeta llamada APP_ BACKU... la abres y hay veras TODAS LAS APP COPIADAS, y listas para reinstalar, solo clikeas en una y se te instalara,
Sobre la musica y fotos y tal NADA o se borra nada ya que al flasear y rootear y tal no toca para nada tu SD asique tranquilo
2- antes de rootear hay que flasear, es decir, seguri el tutorial al pie de letras, ok?