[winsmel]

Primero probaría a reinstalar Superuser, si no se resuelve y tienes bootloader bloqueado, rootear con el último método sin necesidad de flasheo, si lo tienes abierto flashear un kernel que venga prerooteado, si ya has probado y nada de esto funciona haz backup aunque sea con MyBackup de las aplicaciones y haz de nuevo todo el proceso, eso es lo que se me ocurre ahora mismo, con un nandroid backup todo sería más fácil, si alguien más puede comentar con algo que se le ocurra, mejor.

Edito: @Koke ¿La perdida del root no puede estar relacionado con el seteo de permisos desde updater-script o con que si la estructura de las Roms cambia en algo?