mira al parecer las apps que tienes guardadas en la particion se quedan tal y como las tienes hasta ahorita yo cambien de la rom Zero-Frost a la tipo Jelly bean la flashee haciendo solo dando wipe data y wipe cache y despues flashear la room y flashear el script de la particion y reiniciar despues puse los comandos tal primero "su" despues a2sd reinstall, despues a2sd cachesd y por ultimo a2sd datasd y listo me quedo con las mismas aplicaciones que se guardaron el la particion a mi me funciono asi
