También tuve esas experiencias, y aunque hagas wipe a las cache, la información de la sd-ext no será tocada, ya que los wipe no siguen el link simbólico que permite leer los archivos en la memoria externa no todas en otro directorio
Que me paso a mi?
Hice lo típico para instalar una rom, pero las apps y configuraciones quedaron se la rom anterior, como si no hubiera wipeado nada
Solución?
Respaldar sd en el pc
Vía recovery, hacer wipes
Reparticionar sd como la primera vez
Instalar rom y parches
Instalar script para poder copiar aplicaciones a la sd-ext
Instalar aplicaciones y listo
Cuando lo arranquen estará como nuevo
Los respaldos son obligatorios para guardar las apps que te sean importantes
Saludos
Enviado desde mi LG-E510 usando Tapatalk 2