No te preocupes, android es así, a veces funciona y otras no. Estoy reinstalando las aplicaciones que aparecen "perdidas"... todo sea con tal de no resetear la rom. Lo único malo es que aplicaciones como gmail o playstore no me aparecen... pero bueno con root explrer las voy cogiendo de system/app
hice la copia de seguridad y la volvi a poner en la nueva partición fat32 tal y como me comentaste y por eso no hay problema.
