yo por leido lo que entiendo es que en momento dado, has metido algo que no es compatible, es decir el kernell con el boot con la maquina...
revisa que tengas la build correcta con el boot correcto...
el problema de las herramientas automáticas es que usan determinados bootloader, determinadas imágenes y cada usuario tiene un punto de partida distinto
en momento dado se ve que algo no va bien y te esta causando ese conflicto
Supongo que ya sabes que ya hay una versión nueva del nexus 7 toolkit v2.0.0 que incorpora la JB 4.1.2
Yo reiniciaria con el CWM touch que tienes y corregiría permisos desde ese Recovery posiblemente se solucione ese problema sino habría que ver que tienes en ajustes
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Recuerda, cuanta más competencia exista en el mundo de la tecnología, mucho mejor para nosotros, los que acabamos pagando los productos.