Si haces un factory reset lo dejas "pelao" como si lo acabaras de sacar de la caja nuevecito pero con 4.1.1, haz sólo wipe caché y dalvik, si quieres.
Yo no le he echo nada y la he instalado por ODIN porque lo tenía rooteado (rom completa) y no podía hacerlo de otra forma y me va de fábula.