Puedes hacerlo desde "adb"
Creas una carpeta "/backup_sdcard" en c: , y dentro dos subcarpetas
/fat32
/ext3
Hacer copia:
[html]adb pull /sdcard /backup_sdcard/fat32
adb pull /system/sd /backup_sdcard/ext3[/html]
Restaurar copia:
[HTML]adb push /backup_sdcard/fat32 /sdcard
adb push /backup_sdcard/ext3 /system/sd[/HTML]