Después de instarlas haz wipes de cache y dalvik, eso sí. Nunca viene mal, sea necesario o no.
Diferencias no creo que las veas. Quizás aparece o desaparece alguna app, en función de varios factores. Lo suyo es que lleves las que correspondan a la base de tu ROM. Dado que ésta es todavía 4.1.1, yo me quedaría co las gapps de julio... Las de acaban de salir son actualizadas para la base 4.1.2. No creo que TeamEOS tarde en sacar una nightly actualizada, si no lo ha hecho ya.
Un saludo.