Enlaza, reinicia.
Si realizaste actividades mientras enlaza apps (incluso rotar la pantalla) a veces no se enlazan del todo bien. Filtra las enlazadas, menu, selección múltiple, seleccionas todas, crear enlace, enlaza todo.
Después fíjate en data/local que no hayan quedado archivos de apps duplicados. Si ya enlazaste las apps y te aparecen archivos .apk en data/local borralos.