Nada alexret, he puesto stock kernel y me sigue haciendo lo mismo. Los enlaces creados con Link2SD no aparecen y sin embargo si las aplis que están en la sd.
Esperaré la V3 y si tengo que hacer format/system pues se hace y no pasa nada. El caso es ir comentando las cosas para que se puedan ir solucionarlo, si se puede claro.
Gracias por el curro que te estás pegando