No creo Gike que sea porque te hicierqas root con un click. Yo lo hice con el metodo tradicional y en la anterior (la 1.6) de superatmel, me daba FC con el superuser permission. yo me inclino a que debe ser algun resto de una instalacion anterior. como no pude solucionarlo, me pase a esta. Pero a ti te esta pasando lo mismo que a mi.
Prueba a hacerlo todo de 0. Yo para asegurarme, en el recovery he hecho wipe un par de veces en cada opcion, la de la ext3 y el wipe tradicional. tambien he formateado la SD.