A ver... si tienes una ROM custom y quieres poner la oficial, existen zips flasheables por recovery como los de este hilo:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=467579
Como verás existe una versión ya rooteada y con algunas apps y la otra que sería la stock sin nada más, la cual supongo que deberías rootear de nuevo... teniendo el bootloader ya abierto sería muy sencillo. También podrías probar con el OTA RootKeeper:
https://play.google.com/store/apps/d....otarootkeeper aunque estoy casi seguro que flasheando una ROM con todos los wipes no te servirá de nada.
Yo mañana flashearé la Dark Paranoidandroid que ya tiene la 4.1.2 y tiene muy buena pinta. =)