Te respondo:

Cita: Originalmente Escrito por
victor_2203
Tengo una Touch HD con la última ROM oficial de HTC (
1.56.412.1), la cual como ya sabréis viene con Windows Mobile 6.1 y
TouchFlo 3D Manila 2.1. Si estoy equivocado corregidme.

Estás equivocado. La versión 2.1 del Manila es posterior a la ROM oficial que comentas. Puedes consultar la versión de tu Manila en la pestaña "Configuración", "Acerca de", en el TF3D.

Cita: Originalmente Escrito por
victor_2203
He leído varios hilos en relación a lo que quiero preguntaros, pero de momento hay cosas que no me han quedado claras.
¿Es posible actualizar a Windows Mobile 6.5 y posteriormente instalar el Manila 2.5 de forma independiente? Es decir, sin necesidad de tener que instalar una ROM "cocinada" desde cero, si no sobre la propia ROM oficial.

No.

Cita: Originalmente Escrito por
victor_2203
En caso de no poderse instalar ambas actualizaciones de forma independiente sin tener que recurrir a ROMs "cocinadas", ¿existe o se podría crear una ROM oficial limpia, con la única modificación del Windows Mobile 6.5 y el Manila 2.5?

Idem párrafo anterior. Salvo cambio de última hora, HTC ya ha confirmado que la Touch HD es un modelo "demasiado antiguo" y que no se molestará en sacar una ROM oficial con Windows 6.5 para ésta.
Por otro lado, el Manila 2.5 es exclusivo de la Leo (HD2), al menos de momento, un smartphone que todavía ni se ha lanzado y que prácticamente duplica en potencia a la Touch HD... Si cupiera alguna posibilidad (aunque remota, como he mencionado anteriormente) de que hubiera ROM oficial con Windows 6.5, que dicha ROM usara Manila 2.5 puedes descartarlo por completo.