Me contesto yo, como la mayoría de las veces que he preguntado algo.
Al parecer el SetCPU no funciona bien cuando le añades varias ordenes en un perfil. Al añadir sólo una APP en el perfil, se activa correctamente, pero si le añades muchas, no funciona. Por lo tanto, hay que ir creando perfiles para cada APP que quieras, en este caso, una para NESoid, SNESoid, FPSE, Asphalt 7, Guerrilla Bob XP, Metal Slug, etc...
Voy a crear un tutorial en esta sección.