En recrear scripts de montajes de link2sd puedes seleccionar ext3. Puede dar problema, por ejemplo, no montarlo bien si estás en stock rom con stock kernel. Es cuestión de probar, sino en ext2 está bien.
La forma de que las apps en la sd corran más rápido es con una sd de mayor velocidad (clase 6 ó 10). El formato del script de montaje no impacta mucho en la velocidad de las apps en la sd.