El tema está en que con un 4 núcleos el celular va a perdurar más en el tiempo. Hoy en día no esta bien optimizado pero en el futuro probablemente va a ser imprescindible como un dual-core hoy en día. Igual de todas maneras el S3 es más rápido que el Xperia, aunque habría que probar a este ultimo con JB.
Después también hay diferencia en la pantalla. Más que nada por tamaño, aunque creo que se ve un poco mejor en el Xperia S. Pero esas 4.8 pulgadas a mi no me gustan, no me gusta el hecho de no poder usar el celular son una sóla mano, además de que me da menos seguridad el agarre.
En el resto, son cosas muy parejas. Xperia s mejor calidad de materiales, mejor cámara, mejor sonido. El S3 filma mejor, la batería dura más, podés ampliar con SD la memoria, un toque mejor en juegos y en internet, actualizaciones más rápidas, etc.