De nada Javi, el proceso wakeup se ejecuta a raíz de otros procesos que hacen wake up (despiertan el dispositivo), wake up significa despertar, se ve reflejado ese proceso cuando algún otro despierta al dispositivo, aunque no tiene porque verse siempre reflejado y menos si la aplicación que utilizáis no tiene permisos Root.
En el caso de BetterBatteryStats si tiene permisos de Root y como se ve en vuestra captura se muestran los wakeups, pero quizás no se muestren todos, no he probado, ni comparado resultados con el comando powertop, por eso comentaba lo de que me faltaba tiempo, pero al ejecutar ese comando se deberían obtener datos más precisos y "puros" que con dicha aplicación, por lo que he visto al ejecutarlo y al ver vuestra captura, quizás combinando el uso de los dos podemos sacar algo en claro.
Ejecutando el comando powertop desde el terminal con permisos Root o adb se pueden ver que es lo que despierta al dispositvo también, ese comando como comenté se encarga de visualizar esos procesos o el uso de drivers, o del kernel que hacen despertar a la CPU, en Linux igual que en Android es un útil para controlar el consumo de la energia cuando el terminal está en idle (descansando):
Más info sobre powertop.
Seguiré haciendo más pruebas con tiempo.