Cuando instales una APP que requiera acceso Root, te lo pedirá primero, y si te interesa que disponga de acceso Root permanente, dale a Always Allow, si te interesa que solo en ese momento acceda a root y una vez ase cierre, deje de disponer de acceso root, simplemente dale a Allow (lo mismo pasa con denegar el acceso root a una APP). Añado que si denegas o permites acceso root de forma "temporal" (allow) cuando arranques de nuevo la APP, te lo volverá a pedir.
La APP que comentas que para que sirve, es para ver el listado de apps añadidas con acceso root permanente, nada mas.
Por ultimo, si eres usuario root, no tienes que hacer nada para tener acceso, solo en el terminal, pero el echo de que tengas que ponerlo en el terminal no implica que sea solo en ese momento ser root.
Salu2