A ver, en los tutoriales que hay por ahí para hacer root a ICS hablan de la rom .562 (esta es ICS 4.0.3), de la .431 y .587 (estas 2 son ICS 4.0.4).
Con lo que comentas que tienes, si puedes hacer root aplicando el programilla que encontrarás en cualquiera de los tutoriales, no deberías tener problema. En tu caso no necesitas flashear nada, deberías seguir los puntos donde directamente hablan sobre como rootear. Para tu caso por ejemplo, sigue este tutorial
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=367681 tendrías que ir al punto 3 "permisos superusuario root" y seguir los puntos del 10 al 21 y tendrías rooteado el teléfono tal y como lo tienes ahora.
Si el pccompanion no encuentra actualizaciones será porque yoigo no ha sacado ninguna pero como habrás leido y ya supones, sí hay actualizaciones que si quieres instalar solamente tienes que seguir los pasos que ponen en los tutoriales.
Un saludo y ánimo, que no es tan complicado, en general teneis miedo y no os atreveis a probar precisamente por eso. Pasos a seguir? Root -> instalar busybox -> instalar CWM -> nandroid backup de lo que tienes ----> a probar sin miedo ya que puedes restaurar el backup. Tanto Busybox como el CWR (recovery) los encontrarás en play store, éste último con el nombre de x-parts.