Lo único que no se borrará es lo que tengas en la tarjeta de memoria.
Lo mejor si quieres cambiarle la Rom es sincronizarla con el PC para hacer copias de seguridad de contactos, agenda, notas, etc.. antes de flashearla. Una vez flasheada la vuelves a sincronizar y listo. Eso sí tendrás que reinstalar todas las aplicaciones. otra opción es hacer un backup pero no es recomendable hacerlo con distintas versiones de Rom.
Un saludo.