Al flashear repetidas veces, pueden ir quedando datos basura, que no se leen como parte de la rom ni nada. Parecido a cómo funciona en las pc (razón por la cual algunas personas "desfragmentan" sus discos duros). La memoria flash del móvil es distinta en que no requiere desfragmentar, pero sí puede ir quedando cochambre.
Flashear un full package por odin ayuda a limpiar bastante, después instala el rom, o restaura el nandroid backup de tu elección. Pero esto sólo para limpiar el sistema interno.
Otra cosa que impacta el rendimiento de las apps en la sd es la cantidad de datos en tu sd (música, videos, fotos, apps, archivos de cualquier tipo). Una sd nueva, de clase 6 y superior mejora mucho el rendimiento de todo lo que corra en ella.
Hay muchas cosas que impactan el rendimiento, estas son 2 de las más comunes, tú sabrás como anda tu móvil mejor que yo.