No tiene nada que ver una cosa con la otra, el mensaje en cuestión es porque no tienes una partición EXT2, 3 ó 4, en la tarjeta SD (tampoco la necesitas, si no vas a "enlazar" aplicaciones a dicha partición). Como no existe dicha partición el programa se la salta (skipping backup), pero eso no significa que de error despues al restaurar.
Posiblemente el error venga porque al hacer los wipes, no reinicias el recovery antes de restaurar (es un fallo del CWM).
Saludos.