Se pierde todo pero puedes hacer una copia de seguridad de los datos (fotos, vídeos, etc) primero. Las aplicaciones y demás sw las puedes instalar luego desde el market otra vez. Los contactos, si los guardas todos en google tampoco los pierdes. También es recomendable que des formato a la sd desde el móvil para descartar alguna configuración corrupta.
Recuerda hacer copia de seguridad antes de probar nada.